Der Rechnungshof überprüfte von April bis Mai 2005 die Gebarung des Bundesministeriums für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft sowie der Burgenländischen und der Steiermärkischen Landesregierung betreffend die Umweltsituation in der Grenzregion zu Ungarn und Slowenien. Schwerpunkte der Prüfung waren die Themen Wasserqualität, Bodenqualität und Naturschutz (Natura 2000). Geprüft wurde der Zeitraum zwischen 2000 und 2005. Das Prüfungsgebiet umfasste auf der österreichischen Seite das Südburgenland (Bezirke Jennersdorf und Güssing) und die Südoststeiermark (Bezirke Leibnitz, Feldbach, Fürstenfeld und Radkersburg).

Die Mur hatte im Prüfungsgebiet mit der Güteklasse II (mäßig belastet) und einer relativ geringen chemischen Belastung einen guten Gewässerzustand. Die Raab wies hingegen eine deutliche chemische und organische Belastung auf (Güteklasse II-III - kritisch belastet. Die Gründe dafür sind laut Rechnungshof folgende:

"Diese [Belastung] war in erster Linie auf die industrielle Nutzung des Flusses zurückzuführen, darüber hinaus aber auch auf die ungleichmäßige Wasserführung infolge des Schwellbetriebes von Wasserkraftwerken (Anpassung des Wasserdurchlaufes an den Strombedarf) sowie auf die Entnahmen von Wasser für die landwirtschaftliche Bewässerung. Nach den Feststellungen des Rechnungshofes waren die Belastungen nicht in allen Fällen rechtlich gedeckt. ... Hinsichtlich der Raab hielt der Rechnungshof fest, dass insofern ein Potential zur Verbesserung des Gewässerzustandes bestand, als ein Teil der Belastungen auf unzulässige Nutzungen zurückzuführen war."

Der Rechnungshof hat überprüft, inwieweit die Gewässeraufsicht im Südburgenland und in der Südoststeiermark im Rahmen ihrer Aufsichtstätigkeit die kommunalen und betrieblichen Abwasserreinigungsanlagen auf die Einhaltung der gesetzlichen und bescheidmäßigen Vorgaben kontrolliert hat. Dabei zeigte sich für den Rechnungshof, "dass die Gewässeraufsicht im Burgenland wöchentliche Kontrolluntersuchungen vornahm, während die Probeziehungen in der Steiermark für kommunale Anlagen drei- bis sechsmal im Jahr erfolgten und für betriebliche Anlagen in der Regel nur ein- bis zweimal im Jahr." Der Rechnungshof ist der Auffassung, dass die Gewässeraufsicht österreichweit einen einheitlichen Standard haben sollte und eine Harmonisierung der Kontrolltätigkeiten anzustreben wäre.

Die Kontrolldefizite bei der Gewässeraufsicht in der Steiermark sind bedauerlich. Es werden weniger Abwasserproben als in früheren Jahren genommen und untersucht, was vor dem Hintergrund der wieder steigenden Nitratbelastung inakzeptabel ist. Wurden im Jahr 2002 noch 2100 Abwasserproben untersucht, so waren es im Jahr 2005 nur mehr 1200 Proben. Die Überwachung der Kläranlagen muss in der Steiermark flächendeckend gewährleistet sein. Zudem müssen die Kontrolltätigkeiten vor dem Hintergrund der Schongebietsverordnungen, der Überprüfung der Aufzeichnungspflichten der landwirtschaftlichen Betriebe, der Einhaltung der Verbotszeiträume im Frühjahr und im Herbst verstärkt werden.

Offensichtlich ist die Gewässeraufsicht in der Steiermark personell nicht in der Lage, den gesetzlichen Kontrollaufgaben nachzukommen. Eine flächendeckende und umfassende Kontrolle ist jedoch unbedingt erforderlich, um den Bemühungen zur Senkung der Nitratbelastung im Leibnitzerfeld und im unteren Murtal den entsprechenden Nachdruck zu verleihen.